研究表明，紫外線主要是通過對微生物(細菌、病毒、芽孢等病原體) 的輻射損傷和破壞核酸的功能使微生物致死，從而達到消毒的目的。紫外線對核酸的作用可導致鍵和鏈的斷裂、股間交聯(lián)和形成光化產(chǎn)物等，從而改變了DNA的生物活性，使微生物自身不能復制，這種紫外線損傷也是致死性損傷。

紫外線消毒是一種物理方法，它不向水中增加任何物質，沒有副作用，這是它優(yōu)于氯化消毒的地方，它通常與其它物質聯(lián)合使用，常見的聯(lián)合工藝有UV+H2O2、UV+H2O2+O3、UV+TiO2，這樣，消毒效果會更好。

紫外線系統(tǒng)的經(jīng)濟學決定于以下因素：設備造價和壽命；電效率；運行中殺菌效果的降低程度；電費等。對于紫外線消毒系統(tǒng)的經(jīng)濟分析尚未做出定論，有很多結論不同的分析報道，有觀點認為紫外線殺菌裝置電耗大，設備維護費和造價較高。對于大系統(tǒng)，設備投資比臭氧系統(tǒng)高，運行費用與臭氧相仿；但對于純凈水制造的小型系統(tǒng)投資較臭氧裝置為低。也有觀點認為對于數(shù)千噸/日以上的處理規(guī)模，紫外線消毒系統(tǒng)的投資和運行成本很具優(yōu)勢，要比加氯和臭氧消毒的花費都低得多。例如有分析資料報道，在建造人口數(shù)為10~25000范圍的小型飲用水處理廠時，紫外線、二氧化氯和臭氧消毒費用的近似比例為1:4：（8~9），對于人口數(shù)大于500000的社會團體，費用比約為1:2.5:2.5。

大多數(shù)紫外線裝置利用傳統(tǒng)的低壓紫外燈技術，也有一些大型水廠采用低壓高強度紫外燈系統(tǒng)和中壓高強度紫外燈系統(tǒng)，由于產(chǎn)生高強度的紫外線可能使燈管數(shù)量減少90%以上，從而縮小了占地面積，節(jié)約了安裝和維修費用，并且使紫外線消毒法對水質較差的出水也適用。

使用方法
2.3.5.1 對物品表面的消毒
(1)照射方式：好使用便攜式紫外線消毒器近距離移動照射，也可采取紫外燈懸吊式照射。對小件物品可放紫外線消毒箱內照射。
(2)照射劑量和時間：不同種類的微生物對紫外線的敏感性不同，用紫外線消毒時使用照射劑量達到殺滅目標微生物所需的照射劑量。
殺滅一般細菌繁殖體時，應使照射劑量達到 10000 uW.s/CM2；殺滅細菌芽胞時應達到100000 uW.s/CM2；病毒對紫外線的抵抗力介于細菌繁殖體和芽胞之間；真菌抱子的抵抗力比細菌芽胞更強，有時需要照射到以對600000 uW.s/CM2；在消毒的目標微生物不詳時，照射劑量不應低于100000 uW.s/CM2。

紫外線殺菌器殺菌原理是利用紫外線燈管輻照強度，即紫外線殺菌燈所發(fā)出之輻照強度，與被照消毒物的距離成反比。當輻照強度一定時，被照消毒物停留時間愈久，離殺菌燈管愈近，其殺菌效果愈好，反之愈差。