目前，國(guó)內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠(yuǎn)距離運(yùn)輸，集中處理高成本的問(wèn)題。同時(shí)因?yàn)榘l(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過(guò)程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對(duì)周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴(yán)重影響。同時(shí)發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴(yán)重，雨雪天無(wú)常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無(wú)法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時(shí)間普遍長(zhǎng)達(dá)1-2個(gè)月，耗費(fèi)工作人員數(shù)量多。

原始自然堆漚發(fā)酵，此種方法缺點(diǎn)比較多：
1. 發(fā)酵持續(xù)時(shí)間長(zhǎng)，大約要在300天以上，延遲了羊糞的使用吋間，而且大量占用土地， 造成土地資源浪費(fèi)；
2. 堆漚的過(guò)程中造成污染，
其氣污染.堆漚過(guò)程中，發(fā)酵期間會(huì)出現(xiàn)惡臭味， 一方面影響大氣質(zhì)量，對(duì)周邊大 氣造成污染，另一方面影響周邊居民生活環(huán)境，危害身體健康。
其二水體污染.羊糞堆漚發(fā)酵過(guò)程中產(chǎn)生的各種有害病菌易隨地表水流入地下水源，造成地表水和地下水雙層污染，對(duì)工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)都會(huì)造成危害。
其三環(huán)境污染.堆漚過(guò)程中，促使蚊蠅滋生，傳播疾病，對(duì)人類生活特別不利。

現(xiàn)在辦理還不太標(biāo)準(zhǔn)，產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)也有待強(qiáng)化。國(guó)家盡管實(shí)行了登記證辦理制度，但辦理力度不行，不少未登記的企業(yè)或產(chǎn)品乃至冒充劣產(chǎn)品還在聲勢(shì)浩大地宣揚(yáng)、出產(chǎn)和出售。別的，對(duì)國(guó)外產(chǎn)品亟待標(biāo)準(zhǔn)，有的國(guó)外產(chǎn)品價(jià)格太高，虛張聲勢(shì)，嚴(yán)峻損害了農(nóng)人利益。