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雖然有機肥的成分種類較多，但是每種養(yǎng)分的含量相對較少，并且病菌較多。需要存放腐熟以殺滅病菌、并與化學肥料配合使用，效果更好。
隨著科學技術的不斷發(fā)展，通過有益菌群的人工篩選、分離、馴化培養(yǎng)技術，將有益菌群接入無害化處理后有機肥中，可以生產(chǎn)出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環(huán)境污染、增肥增效等。
有機農(nóng)業(yè)中使用的有機肥需經(jīng)過有機認證機構的認證，符合產(chǎn)品的生產(chǎn)標準。近些年來，我國各種生物肥料發(fā)展迅速，年產(chǎn)量達數(shù)十萬噸以上。這些生物肥料以科技含量較高、增產(chǎn)效果明顯和為主要特點，它的生產(chǎn)、推廣和應用對增進土壤肥力，提高農(nóng)作物產(chǎn)量，改善農(nóng)作物品質和切實推行農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展都有積極意義。 針對生物肥料在生產(chǎn)、產(chǎn)品質量和使用等方面存在的問題，本刊記者采訪了江西農(nóng)業(yè)大學高勇生教授，旨在提高農(nóng)村廣大群眾對這類肥料的認識，更加正確、科學地使用這些肥料，以促進我國生物肥料的健康發(fā)展。

在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區(qū)，農(nóng)人沒有真實知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽。

主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料。經(jīng)生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分廣義
俗稱農(nóng)家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。
另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。
主要是以供應有機物質為手段，借此來改善土壤理化性能，促進植物生長及土壤生態(tài)系統(tǒng)的循環(huán)。